Os Lisossomos possuem uma grande variedade de hidrolases ácidas, capazes de degradar quase todos os conteúdos celulares. As suas enzimas são glicoproteínas provenientes do Complexo de Golgi, que saem da sua face trans em vesículas específicas, ainda bem que essas enzimas são empacotadas impedindo a lise indiscriminada dos conteúdos celulares.
Os lisossomos estão envolvidos em processos de autofagia e heterofagia. A fagia é um termo ecológico ou comportamental usado para identificar sistemas particulares de nutrição ou conduta de alimentação.
A Autofagia inicia-se quando uma porção do Retículo Endoplasmático envolve uma organela que deve ser destruída, formando uma vesícula em seu redor. Esta vesícula é posteriormente acidificada e funde-se depois com um lisossomo primário, que inicia a degradação (autolisossomo). Com efeito, regendo-se o funcionamento da célula, por rigorosos princípios de economia que não autorizam o desperdício de recursos, as estruturas envelhecidas ou desajustadas das necessidades, são eliminadas e os seus componentes, recuperados e utilizados na síntese de novas moléculas ou na edificação de novas estruturas. A célula mobiliza, para esta reciclagem de materiais, mecanismos idênticos aos que emprega para digerir as substâncias “importadas”.
A Heterofagia constitui um dos mecanismos celulares de captação de matéria, quando esta se encontra em condições físicas incompatíveis com os mecanismos de transporte transmembranar. Na heterofagia, os lisossomos fundem-se com endossomos (provenientes da endocitose) ou fagossomos (provenientes da fagocitose). Algumas células são capazes de exocitar lisossomos para destruir componentes extracelulares, p. ex. na formação de tecido ósseo, em que é necessário eliminar primeiro as células ósseas antigas.